Společnost UNIS byla založena v květnu 1990, jako ryze česká soukromá „společnost s ručením omezeným“ bez účasti zahraničního kapitálu. V roce 2008 došlo ke změně právní formy na akciovou společnost. Poslední velkou změnou byla v roce 2012 formální úprava struktury organizace a s tím související majetková vazba na společnost UNIS Capital, a.s. Za více než 25 let na trhu se společnost UNIS stala stabilní a váženou značkou.
Těžištěm činností společnosti se od počátku stalo řízení technologických procesů a oblast měření a regulace (MaR), které se v roce 1995 rozšířilo o nabídku řešení silnoproudé části (napájecí a distribuční systémy).
V témže roce byla společnost, jako jedna z prvních českých firem, certifikována auditorem Lloyd’s Register Quality Assurance, v souladu s normou ISO 9001:94 a úspěšně byly provedeny i re-certifikační audity následných revizí této normy až na současnou ISO9001:2015. Od roku 2008 je společnost navíc certifikována dle norem ISO/IEC 27 001 - Systém řízení bezpečnosti informací a ISO/IEC 20 000-1 - Systém řízení služeb v oblasti IT.
Od počátku svého působení se společnost prezentuje jako projekční, inženýrská a dodavatelská firma (projekty typu EPC). Získání první zakázky v roce 1998 na komplexní inženýring pro vyšší investiční celek (projekty typu EPC-M) nasměrovalo společnost UNIS k technologickému zaměření a poskytování činnosti s vyšší přidanou hodnotou. Tento záměr později vedl k vytvoření dceřiné společnosti ИООО "УНИС НЕФТЕПРОЕКТ, která zajišťuje podporu inženýrské a projekční činnosti v Bělorusku a v ostatních rusky hovořících zemích.
Řešení rozsáhlých projektů, převážně v oblastech petrochemie, chemie a energetiky, si vynutilo v roce 2012 vznik strojně - technologické sekce. Její náplní byly zejména projekční práce včetně 3D modelování. V roce 2015 došlo k rozdělení této sekce na část technologickou, strojní, stavební a na část projekce potrubí.
V roce 1999 vznikla ve společnosti výzkumně vývojová sekce Mechatronické systémy, která od roku 2013 nese název Divize Letecká a pokročilého řízení. Divize zajišťuje kompletní vývojový cyklus produktu od prvotní analýzy technického zadání s návrhem řešení, přes vývoj software, hardware a design mechanických dílů, až po výrobu prototypů, testovaní dle požadovaných norem a malosériovou výrobu.
Rokem 2002 společnost zahájila implementace výrobních informačních systémů typu MES (Manufacturing Execution System) a došlo k vývoji vlastního produktu - výrobního informačního systému s názvem PHARIS®. Původně byl tento systém vytvořen pro farmaceutický průmysl, avšak po dopracování funkcionalit vznikl produkt schopný řešit komplexní řízení výroby i v diskrétních výrobách, jako je kovovýroba a lisovaní plastů. Svými moduly pokrývá celý výrobní proces od plánování zakázky přes sledování rozpracované výroby až po její vyhodnocení.
Od počátku svého založení začal UNIS spolupracovat s vysokými školami na vývoji nových technologií včetně evropských projektů. Jedním z výsledků této spolupráce byla společná firma Invea-tech, založená v roce 2007, nyní rozdělená na firmy FlowMon Networks, a.s. a Netcope Technologies, a.s. Obě firmy řeší monitorování a bezpečnost počítačových sítí se specializací na “IP flow monitoring”, behaviorální analýzu sítě, hardwarově akcelerované aplikace a ochranu proti kybernetickým útokům a kybernetické kriminalitě. Tyto a další činnosti jsou nadále rozvíjeny s cílem nepodílet se jen na jejich vývoji, ale být i mezi prvními uživateli nových technologií.
V září 2015 byla slavnostně otevřena budova Vědeckotechnického parku (VTP). Vědeckotechnický park nabízí služby začínajícím vědecko-technickým společnostem a bude fungovat jako podnikatelský inkubátor pro rozvoj technologií a jejich snazší uvádění do praxe. V rámci VTP společnost UNIS nabízí využití moderní zkušební laboratoře pro provádění zkoušek elektromagnetické kompatibility, zkoušky mechanické a klimatické odolnosti a zkoušky zrychlených testovacích metod s cílem zvýšení spolehlivosti výrobku dle mezinárodních standardů. Výstavba VTP proběhla v rámci Operačního programu podnikaní a inovace (OPPI). Poskytovatelem dotace byl Evropský fond pro regionální rozvoj a Ministerstvo průmyslu a obchodu ČR.
Pro zajištìní komplexnějších služeb v energetickém sektoru se skupina UNIS v roce 2017 rozrostla o bývalou společnost Bilfinger Babcock CZ, s.r.o. Vznikl tak významný dodavatel v energetickém průmyslu vystupující pod názvem UNIS Power, s.r.o.